Озеро Вагатозеро находится в южной Карелии и связано с системой реки Шуи. Площадь зеркала — 24,5 кв. км. Длина озера — 6,5 км, наибольшая ширина— 5 км. Островов нет. Озеро мелководно. Наибольшая глубина — 8,5 м — отмечена в юго-западной части озера. Глубинами свыше 2 м занято лишь 15% площади дна. Котловина озера мало пересеченная. Преобладают пологие подводные склоны. Ямы имеются в месте впадения и истока реки Шуи.