Шуя, третья по величине река Карелии, вытекает из озера Суоярви, на высоте 139 м над уровнем моря, и впадает в Петрозаводскую губу Онежского озера. Течет в низменной долине, когда-то бывшей местом древнего соединения Ладожского и Онежского озер. Благодаря наличию в верховьях крупного озера Суоярви река полноводна. Берега в основном низкие, покрытые еловыми и частично смешанными лесами. В верхнем и среднем течении Шуя почти не населена, за исключением озер, через которые протекает. На всем протяжении река порожиста. В прошлом Шуя была важной сплавной магистралью, но с 1963 года сплав по ней не производится, после него остались только вырубки да многочисленные топляки.