Озеро овальной формы, с западной стороны образуют два больших залива, с южной — два других. В озеро впадает около 20 речек и ручьев, не считая пролива Луопауссалми, связывающего Большое и Малое Янисъярви. В южном конце вытекает порожистая река Янисъеки, впадающая в Ладожское озеро. Берега большей частью каменисты, покрыты лесом, местами скалисты, с характерными «бараньими лбами». Котловина представляет собой две впадины в южной и северной частях озера, которые разделяются узким кряжем с островами. Более глубока южная впадина (57 м). В северной впадине глубина достигает 37 м. Луды особенно многочисленны в северо-западной части озера. Дно в прибрежной полосе каменистое, заиление грунтов начинается с 8 м. Иловая зона занимает 50% дна. Цвет воды темно-желтый. По термическому режиму Большое Янисъярви относится к холодноводным водоемам. Замерзает во второй половине ноября, а вскрывается в середине мая.