Согласно преданию, постройка церкви Воскрешения Лазаря связана с далеким прошлым — второй половиной XIV века, временем основания Муромского монастыря на юго-восточном побережье Онежского озера. Основателем монастыря считается новгородский миссионер Лазарь. В 1352 году он получил от новгородского посадника духовную грамоту на владение землями острова Муч на Онеге озере и озеро Муромское. Местное предание утверждает также, что церковь построил сам Лазарь. Скончался он в 1391 году в возрасте 105 лет и был похоронен за алтарем этой церкви.

Церковь Воскрешения Лазаря явилась одной из первых построек будущего Муромского монастыря, который уже в начале XV века входил в число самых крупных монастырей на территории Карелии. Но со временем слава его померкла. В 1788 году Муромский монастырь был упразднен, так как «церкви и келии от давнего строения сильно обветшали». В 1867 году монастырь был восстановлен на средства пудожского купца И. И. Малокрошечного. Одной из главных достопримечательностей монастыря стала церковь Воскрешения Лазаря, слывшая среди окрестных жителей «чудодейственной исцелительницей от недугов». Используя суеверие народной массы, духовенство объявило Лазаря местным «святым». Церковь и ее реликвии стали объектом поклонения и паломничества. В связи с этим в 80-е годы XIX века «церковь сия была обнесена деревянным футляром». Тогда же был разобран дощатый притвор (помещение перед входом в собственно церковь).

За монастырем, в сумрачной Лазаревой роще, церковь простояла до наших дней. В 1959 году она была освобождена из деревянного футляра и на правах древнейшего памятника народного деревянного зодчества перевезена в музей-заповедник Кижи